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Exame » SEQUENCIAMENTO DO EXOMA [707314]

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Este exame abrange a análise por sequenciamento de nova geração (NGS) dos mais de 20 mil genes nucleares no genoma humano conjuntamente à análise do sequenciamento do genoma mitocondrial. A grande vantagem está no fato de ser um exame de alta complexidade capaz de identificar genes responsáveis por doenças raras.

Este teste também inclui a análise de CNV (variação do número de cópias) dos genes por bioinformática. 

É indicado, principalmente, para casos clínicos já investigados anteriormente, cujo resultado genético não foi conclusivo. 

A análise é direcionada aos genes correlacionados com os dados clínicos (Human Phenotype Ontology - HPO) e histórico familiar fornecidos pelo solicitante. Portanto, quanto mais completa for a descrição clínica do paciente, mais sensível será a análise.

Em caso de resultado com presença de variante patogênica e/ou provavelmente patogênica no Sequenciamento do Exoma, o paciente tem direito a realização da pesquisa destas variantes em até dois familiares (713651) quando preenchidos determinados critérios (consultar limitações do exame Pesquisa de Mutação).

 

SEQUENCIAMENTO DO EXOMA
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Documentos Obrigatórios

Formulário de Requisição Outro Termo de Consentimento

Instruções

Exigência Descrição
Materiais
  • Sangue
  • Saliva
  • DNA Extraído
Conservantes
  • Tubo com EDTA
  • Saliva em tubo OCR-100 (ORAcollect)
Volume Recomendável
  • Sangue: 2 a 4,9 ml
  • Saliva: mínimo de 1ml
Tempo de Jejum
  • Jejum não obrigatório
Conservação
  • Sangue em tubo com EDTA (tampa roxa): enviar a amostra num prazo máximo de 24h (temperatura ambiente, 18-25ºC) ou 4 dias (refrigerada, 2-8ºC), por courier.
  • Saliva em tubo OCR-100 (ORAcollect): enviar a amostra num prazo máximo de 15 dias (temperatura ambiente, 18-25º ou refrigerada, 2-8ºC), por courier.
  • DNA extraído: enviar a amostra com concentração de DNA mínima de 10 ng/uL em, pelo menos, 50uL de voluma final, razão 260/280 = 1,8 a 2,2, envio em tubo de 1,5 ml. Temperatura ambiente, 18-25º ou refrigerada, 2-8ºC ou congelada, -10°C -30°C, por courier. - Obrigatório envio do formulário específico (entrar em contato atendimentogenomika@einstein.br).
Critérios de Rejeição
  • Conservante inadequado
  • Amostra fora do prazo de viabilidade.
  • Amostra sem identificação.
  • Presença de coágulo ou hemólise grosseira
Critérios de Restrição
  • Ausência de formulário/questionário.
  • Ausência de TCLE.
Orientações  de preparo
  • Amostras de saliva: 30 minutos antes da coleta, não beber, comer, fumar, mascar chicletes, escovar os dentes ou inserir qualquer objeto na boca.
Documentos Obrigatórios

Metodologia

A metodologia usada no exame é NGS - Sequenciamento de Segunda Geração por Captura (genomas nuclear e mitocondrial).

Extração e fragmentação de DNA seguidos de indexação, captura com kit específico e enriquecimento das regiões de interesse (nuclear e mitocondrial). O sequenciamento de nova geração (NGS) das sequências alvo é realizado utilizando-se a plataforma illumina®. O alinhamento e detecção de variantes com base na versão GRCh37 do Genoma Humano e NC_012920.1 (mitocondrial). Os dados do sequenciamento são processados por protocolos customizados de bioinformática (pipeline germinativo v3.6) e analisados através da plataforma Varstation®. As variantes reportadas serão anotadas seguindo as recomendações descritas pela Human Genome Variation Society (HGVS) e, para variantes mitocondriais, Revised Cambridge Reference Sequence ("rCRS"). Para interpretação das variantes reportaveis serão considerados o quadro clínico do paciente e o protocolo de classificação de variantes do Colégio Americano de Genética Médica (ACMG). 

Limitações do exame

Este teste não avalia certas regiões codificantes (i.e., alguns exons) do genoma, tampouco é a metodologia de escolha para investigar condições genéticas associadas a expansões de polinucleotídeos, eventos genéticos complexos como inversões, translocações e expansões de regiões repetitivas. Este método apresenta limitações para avaliar regiões não-codificantes (i.e., intrônicas, promotoras, reguladoras, entre outras), pseudogenes, sequências com alta homologia de sequência e regiões repetitivas. Este teste avalia variações no número de cópias (CNVs) que compreendam, ao menos, três ou mais exons do genoma nuclear. As coordenadas genômicas das CNVs podem apresentar imprecisões na determinação dos pontos de quebra. A detecção de variantes mitocondriais bem como a determinação do grau de heteroplasmia estão diretamente relacionadas ao material biológico avaliado no teste. Variantes mitocondriais têm limite de detecção de 5% de heteroplasmia em regiões de cobertura maior ou igual que 200x; esta metodologia apresenta limitações na detecção de CNVs no DNA mitocondrial. 

Outros nomes para SEQUENCIAMENTO DO EXOMA

  • Exoma Completo
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